১৭৮০ সালে ‘কলকাতা আলিয়া মাদ্রাসা’ প্রতিষ্ঠার মাধ্যমে উপ-মহাদেশে আনুষ্ঠানিকভাবে মাদ্রাসা শিক্ষা ব্যবস্থা শুরু হয়। পর্যায়ক্রমে অবিভক্ত বাংলা, বিহার, আসাম ও ত্রিপুরাসহ বিভিন্ন অঞ্চলে মাদ্রাসা শিক্ষা সম্প্রসারিত হওয়ায় মাদ্রাসাসমূহ ব্যবস্থাপনার জন্য ‘মাদ্রাসা এডুকেশন বোর্ড অফ বেঙ্গল’ গঠন করে কলকাতায় এর কার্যালয় স্থাপন করা হয়। ১৯৪৭ সালে পাকিস্তান প্রতিষ্ঠার পর পূর্ব পাকিস্তানে ‘ইস্ট পাকিস্তান মাদ্রাসা এডুকেশন বোর্ডের’ ব্যবস্থাপনায় মাদ্রাসা শিক্ষা কার্যক্রম অব্যাহত থাকে। 1971 সালে স্বাধীন ও সার্বভৌম বাংলাদেশের অভ্যূদয়ের পর মাদ্রাসা শিক্ষাকে যুগোপযোগী ও কর্মমুখী করার উদ্যোগ গৃহীত হয়।

এরই ধারাবাহিকতায় ‘বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড’ নামে ঢাকাস্থ সরকারি মাদ্রাসা-ই-আলিয়া ক্যাম্পাসে নতুন আঙ্গিকে কার্যক্রম শুরু হয়। পরবর্তীতে মাদ্রাসা শিক্ষাকে যুগোপযোগী করার লক্ষ্যে ১৯৭৮ সালে মাদ্রাসা শিক্ষা অধ্যাদেশ জারির মাধ্যমে বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড পুনঃগঠন করা হয়। ১৯৭৯ সালের ৪ জুন হতে বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড একটি স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান হিসেবে কার্যক্রম শুরু করে এখনো অব্যাহত আছে।

২০০৩ সাল হতে বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড এর ০৮ টি আঞ্চলিক শাখা কার্যালয় স্থাপন করা হয়, যা বর্তমানে মাধ্যমিক ও উচ্চ শিক্ষা অধিদপ্তর এর আঞ্চলিক কার্যালয় সংলগ্ন ভবন সমূহে কার্যক্রম পরিচালনা করছে। শুরুতে মাদ্রাসা শিক্ষা ধারার ফাজিল ও কামিল স্তর পর্যন্ত বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড এর আওতাধীন থাকলেও ২০০৬ সালে ৪৪ নম্বর আইনের মাধ্যমে মাদ্রাসা শিক্ষা অধ্যাদেশ, ১৯৭৮ সংশোধন করে ফাজিল ও কামিল স্তরকে বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড এর আওতামুক্ত করা হয়।

২০২০ সালে মাদ্রাসা শিক্ষা অধ্যাদেশ  বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড আইন, ২০২০ প্রণীত হয় এবং সে মোতাবেক বর্তমানে বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ডের যাবতীয় কার্যক্রম পরিচালিত হচ্ছে।